Marcado pelo Segundo impacto, o quarto Anjo ataca Tokyo III e o destino da humanidade é deixado nas mãos da Agência Governamental Especial Nerv. O jovem Shinji Ikari é forçado a pilotar a EVA-01’s. Ele e o piloto do EVA-00, Rei Ayanami, estão encarregues de lutar, mas o EVA-01 foi danificado pelo Sexto Anjo. Misato Katsuragi concebe um plano para concentrar toda a eletricidade do Japão no canhão de pósitrons da EVA-01’s para derrotar o Anjo.